Helilooja, dirigent ja pedagoog. Tema isa Andres Aavik oli kooliõpetaja, laulu- ja pasunakoori juht.
J. Aavik lõpetas 1907 trompetierialal (W. Wurmi kl.) ning 1911 teooria- ja kompositsioonierialal (A. Ljadovi, N. Solovjovi, J. Vitolsi ja A. Glazunovi kl.) Peterburi konservatooriumi.

Töötas 1911-14 Tartus “Vanemuise” teatri muusikajuhina, juhatas 1911-25 “Vanemuise” muusikaosakonna segakoori ja 1911-23 “Vanemuise” sümfooniakontserte, oli 1919-25 Tartu Kõrgema Muusikakooli direktor, aastast 1919 ka Tartu Õpetajate Seminari muusikaõpetaja. Aastast 1925 elas ja töötas Tallinnas. Oli siinse muusikaelu juhtfiguure: 1925-33 “Estonia” teatri muusikajuht (kõrvuti Raimund Kulliga) ja dirigent, juhatas sümfooniakontserte (ka Soomes, Lätis, Ungaris) ning “Estonia” muusikaosakonna (EMO) segakoori. 1925-44 oli Tallinna konservatooriumi õppejõud (a-st 1928 professor, 1933-40 ja 1941-44 direktor). Oli 1928-29 ja a-st 1932 Eesti Lauljate Liidu esimees, 1924, 1927-28 ja a-st 1932 “Muusikalehe” toimetaja (kirjutas ka artikleid) ning a-st 1934 Eesti Kultuurkapitali Helikunsti Sihtkapitali esimees. Oli IX, X ja XI üldlaulupeol üldjuhte. Põgenes 1944 Rootsi, tegutses seal noodikirjutajana. Avaldas mälestusteraamatu Muusika radadelt I (Toronto,1959) ning suurteose Eesti muusika ajalugu (I-II, Stockholm, 1965, III-IV, 1969). Heliloomingus on domineerivaks koori- ja kammermuusika, kuigi on kirjutanud ka kaks sümfooniat. Oma muusikas tugineb Aavik suuresti eesti rahvaviisile.

Sümfooniline muusika:
2 sümfooniat (1946 ja 1948), Klaverikontsert (1943), Viiulikontsert (1945), Tšellokontsert (1949), Kontrabassikontsert (1950), Eesti rapsoodia (1929).

Kammermuusika:
Klaveritrio (1957), Viiulisonaat (1952), süidid “Porkuni mälestused” (1930), “Mälestusi noorusmailt” (I – 1936; II – 1939), “Lahmuse mälestused” (1944) ja “Teelahkmel” (1944) klaverile, Orelisonaat (1951).
Arvukalt koori- ja soololaule.